Crespo no posee acta de fundación, pero se conoce que la mensura, división y amojonamiento de los terrenos destinados a la colonia de la Estación Crespo del FFCC, realizada por el agrimensor Pablo Ávila, fue concluida el 20 de marzo de 1888 y aprobada por resolución del Ministerio de Gobierno, el 24 de abril del mismo año, designándose a Bernardino Santillán como primer comisionado rural.

En 1892, se creó una subcomisaría de policía para la Colonia San José (hoy Bº San José) y otra para la Estación Crespo, mientras que el 3 de junio de 1892, Juan Villanova fue nombrado primer alcalde. Al año siguiente comenzó a construirse la Iglesia San José y el 17 de noviembre de 1894, por Ley Nº 1562, se creó el Juzgado de Paz. Un hecho importante para la creciente localidad, fue la creación de la empresa Sagemüller Hnos., de la que dependieron y lo hacen actualmente, miles de familias.

En 1904 se fundó la Escuela Pública Nº 54 “Tomás Guido” y años después, se comenzó la construcción del Colegio “Sagrado Corazón”, donde se comenzó a dictar clases en 1909.

Otro pilar fundamental de la economía de Crespo, fue la creación, en 1910, de La Agrícola Regional Coop. Ltda. y años después, se colocó la piedra fundamental de la Iglesia “Nuestra Señora del Rosario”. En 1920 se fundó la Congregación Evangélica Luterana San Pablo y el 18 de julio del mismo año, se creó la Congregación Evangélica Alemana del Sínodo del Río de la Plata.

El 9 de diciembre de 1922, se constituyó la primera Junta de Fomento, elevándose la localidad a la categoría de Villa, designándose como presidente comunal a Felipe Mors, a quien sucede Quirico Gignone y luego, Abel Chaparro.

El 14 de junio de 1925 se hizo cargo de la Junta de Fomento, Otto Sagemüller, quien estuvo en el cargo hasta el 14 de octubre de 1926. Lo sucedieron el Dr. Salustiano Minguillón, Eugenio Dorato y Luis Saluzzio.

El 20 de mayo de 1928 se fundó la Iglesia de la Congregación Evangélica Alemana y el 30 de septiembre de 1928, la Iglesia “Nuestra Señora del Rosario”. Ese mismo año, también se creó la Iglesia Congregacionista San Juan. El 29 de agosto de 1929, se fundó la Escuela Fiscal Nº 105 y el 23 de noviembre de 1929, la sociedad “Pro Hospital Popular Villa Crespo”.

Julián Crick fue el mandatario comunal hasta el 18 de abril de 1929, asumiendo luego Jorge Heinze, hasta 1933.

En 1930, la sociedad Pro Hospital Popular mantiene una sala de primeros auxilios en el local de la Sociedad Italiana y el 21 de marzo de 1932, se fundó la Biblioteca Popular Orientación.

El 19 de enero de 1933, se hizo cargo de la presidencia de la Junta, Marcelo Lichtshein, siendo sucedido por Nicolás Rapetti y Ferdinando Rosso. Nuevamente ocupa el máximo cargo de la Junta, el Dr. Salustiano Minguillón, llegando posteriormente al gobierno local, Nicolás Rapetti, Pedro Jacob y nuevamente Nicolás Rapetti.

El 3 de junio de 1936 se fundó la sucursal del Banco de Entre Ríos y el 30 de marzo de 1941, la Asociación Deportiva y Cultural. En abril de 1943, el Tiro Federal Argentino Crespo y el 20 de mayo de 1945, el Centro Deportivo y Cultural Ferroviario.

Esteban Pesante ocupa la presidencia de la Junta de Fomento, desde 1939 a 1946, seguido por Santiago Stieven y Arturo Grimaux.

En 1945, se inauguró el edificio propio, frente a la Plaza Sarmiento, de la Escuela Nº 54 y en 1946, la firma Sagemüller instaló la primera fábrica de alimentos balanceados de la provincia: Vitagerm.

El 9 de julio de 1950, se fundó el Club Social y Deportivo con sede en las instalaciones de la guarnición militar; el 25 de agosto de 1950, se creó el Club Atlético Unión Crespo y el 31 de marzo de 1953, el Club Deportivo Aceitero por obreros y empleados de la fábrica de aceite de lino.

Juan Vicario asume el gobierno local desde 1948, seguido por Santiago Stieven (1950-1955). Humberto A. Seri, el Mayor Oscar Smejkal y Ferdinando Rosso pasaron también por la presidencia comunal.

El 14 de junio de 1954, se inauguró la Escuela Nacional Nº 215 del Barrio Guadalupe y el 21 de mayo de 1955, abrió sus puertas el templo Adventista del Séptimo Día. El 17 de marzo de 1957, inició su labor el Instituto Comercial Crespo y el 2 de octubre de ese año, la villa se eleva a municipio de primera categoría, asumiendo como primer intendente, Félix Oriol, quien estuvo en el cargo desde 1958 a 1962. El 25 de octubre de 1959, se celebró por primera vez, el Día de la Avicultura.

Héctor M. Seri fue el segundo intendente, siendo sucedido por Ignacio Gottig, Rubén Heinze y Hugo Baleiron. El 17 de octubre de 1967, el gobernador Ricardo Favre declaró a Crespo, “Capital simbólica de la Avicultura” y un año antes, se hizo cargo del municipio local, Antonio Seimandi, quien ejerció la presidencia municipal hasta 1973.

El 12 de enero de 1974, se inauguró el Hogar de Ancianos y en abril de ese mismo año, se habilitó la delegación del Banco de la Nación Argentina. En 1973, se hizo cargo de la intendencia Hamad Hamdan y el 6 de diciembre de 1975, se culminó la construcción del nuevo edificio del palacio municipal.

Abel Viggiano, Modesto Zapata, Pedro Schaffner y Jacinto Hamdan ocuparon sucesivas gestiones como intendente, mientras que el 15 de marzo de 1978 se inauguró la Escuela Provincial de Educación Técnica Nº 8 “Gral. Don José de San Martín” y ese mismo año, inició su labor ACADME y la Escuela Especial Nº 11 “Remedios de Escalada de San Martín”.

Héctor Seri fue el primer intendente en asumir tras la vuelta de la democracia, a quien posteriormente sucedieron Rolando Kaehler, Daniel Paifer, Eduardo Salcerini, Darío Schneider, Juan Carlos Brambilla y Ariel Robles.

En estas últimas décadas, hubo otras fechas especiales: en 1981 se adquirió el predio destinado al Área Industrial Crespo, se inauguró parcialmente el Centro Cívico (el 17 de agosto de 1986) y comienza a funcionar en su edificio propio la Escuela Especial Nº 11. En 1987 se habilitó el Centro Comunitario “Dr. Salustiano Minguillón”. También quedaron habilitadas la Escuela Nº 203 “Guaraní” y la Escuela Nº 70 “San José”, además de nuevas instituciones educativas secundarias.